補助金と負担金の基本的な考え方は次の通り。

補助金

政府や自治体が必要があって行う事業で、民間や他の（主に所管の）自治体に委託する場合等に交付する。

負担金

民間や他の行政機関が行っている事業で公益性が高いと認められたものに対し、政府や自治体が一定額を交付する。

つまり、補助金は政府や自治体が主体となる事業なので、財政再建という大義名分でバサっと切れる。

一方、負担金は一度支給を開始してしまうと、他の行政機関や団体にイニシアチブが行ってしまうので、ストップしにくい。ダムや空港での直轄事業負担金もこのひとつで、これが大阪府橋下知事の言っている、「都道府県は国の奴隷だ！」と言うやつなんですね。